東南大學(xué)交通學(xué)院的前身可追溯到上世紀(jì)二、三十年代的國立東南大學(xué)交通運輸系及國立中央大學(xué)土木工程系的路工組，50～80年代南京工學(xué)院土木工程系的道路教研組，1987年成立的運輸工程研究所，1989年成立的交通運輸工程系。

1995年，東南大學(xué)為適應(yīng)當(dāng)時國家對交通建設(shè)人才急切需求的大好形勢及加強交通運輸學(xué)科建設(shè)的需要，在原運輸工程研究所、交通運輸工程系的基礎(chǔ)上組建成立交通學(xué)院。

2000年4月，原東南大學(xué)與（交通部）原南京交通高等專科學(xué)校、（鐵道部）原南京鐵道醫(yī)學(xué)院、（國土資源部）原南京地質(zhì)學(xué)校合并，成立新東南大學(xué)。其中，原南京交通高等專科學(xué)校及原南京地質(zhì)學(xué)校的部分學(xué)科、專業(yè)并入交通學(xué)院，組建成立新交通學(xué)院。

交通學(xué)院包含6大學(xué)科方向、7個系、38個科研團(tuán)隊（中心），形成了以交通運輸工程國家一級重點學(xué)科為核心，以交通運輸規(guī)劃與管理、道路與鐵道工程2個國家二級重點學(xué)科為龍頭，以交通信息工程及控制、載運工具運用工程、巖土工程江蘇省重點學(xué)科、橋梁與隧道工程博士點學(xué)科為支撐，交通測繪與信息技術(shù)、交通安全工程、交通地下工程、港口航道工程學(xué)科為生長點的學(xué)科布局。以“系+科研團(tuán)隊（中心）”為核心建立教學(xué)科研管理制度，并建立跨學(xué)科的新型科研團(tuán)隊（中心），實現(xiàn)科學(xué)研究、人才培養(yǎng)與社會服務(wù)的一體化。

交通學(xué)院目前有教職工336人（不含ITS，ITS人事單列），在編教職工237人，人事代理及聘用人員99人。專任教師190人，其中，中國工程院院士1人、國家教學(xué)名師2人、國家高層次人才計劃15人、國家青年人才計劃9人。博士生導(dǎo)師95人，教授72人，副教授81人；有博士學(xué)位的教師164人，有碩士學(xué)位的教師22人。